Климатът в Забайкалието е рязко континентален. Областта е разположена в зоната на влиянието на западните и източните въздушни маси и продължетелното действие на зимния антициклон. Зимата е дълга, студена и сурова. В котловините господства безветрено и безоблачно време със средна януарска температура –20 °СC (до –35 °СC). По склоновете на хребетите в следсвие на инверсията температурата се повишава, а над 1500 – 2000 m отново се понижава. Малката дебелина на снежната покривка (10 – 15 см) е характерна само за дъната на котловините и равнините в южните части, но по високите хребети може да достигне до 1,5 m и повече. Лятото е умерено топло, във високите части – прохладно. Средната юлска температура в котловините е от 10–20 °СC до 12–15 °СC, на височина 1800 – 2000 m – 8–10 °СC, а над 2500 m – 5–7 °СC. Валежите са сравнително малко при крайно неравномерно разпределение по територията и по сезони. Количеството им се увеличава от югоизток на северозапад и от дъната на котловините към високите части на хребетите от 250 – 300 mm до 700 – 900 mm и даже до 1000 mm. Максимумът на валежите (50 – 55% от годишната сума) е през втората половина на лятото, през периода на мусонните дъждове. На север вечно замръзналата почва обхваща големи територии, а на юг е на отделни петна. В най-високия хребет на Забайкалието [[Кодар]] има над 30 съвременни ледника с обща площ около 15 km<sup>2</sup>.<ref name="bse"/>
