През 13. век [[Санчо IV (Кастилия)]] и архиепископ Гонзало Гарсия Гудиеил основават Училище (Estudio de Escuelas Generales de Alcalá) в Алкала. Първата университетска сграда е построена през 1510 г. и в нея се помещава Университетът Киснериана. През тази академична година се отварят и първите училища (департаменти) по изкуства и философия, теология, право, филология и медицина.<ref>[https://www.ucm.es/english/History История на Университета]</ref> През 1775 г. е създадена ботаническа градина към университета, а през 1790 г. е създадена и обсерватория. През 1850 г. университетът е преструктуриран и започват да се обучават студенти, който придобиват докторска научна степен. Университетът е структуриран в шест факултета. След революцията от 1858 г. за ректор на университета е избран Фернандо де Кастро, който провежда нова академична политика. През 1919 г. е поставена статуята на Университетът в Мадрид, с която са увековечава автономността на висшите учебни заведения в [[Испания]], след политическите и социални реформи в страната същата година. През 30-те години на 20. век се изгражда така нареченият „Студентски град“, които включва сгради за всички факултети. Това поставя началото на изграждането на кампуса на Мадридския университет Комплутенсе.
