[[Махаяна]] будизма получава значителна теоретична основа от [[Нагарджуна]] (най-вероятно през 150 – 250 г.н.е.), който може би е най-влиятелния учен в махаянската традиция. Основния принос на Нагарджуна за [[Будистка философия|будистката философия]] е систематичното изложение на концепцията за [[шунята]] или за „пустотата“, която е широко утвърдена в ''[[Праджняпарамита]]'' сутрите, които се появяват през неговата епоха. Концепцията за пустотата обединява други ключови будистки учения, по-специално анатта и пратитясамутпада (зависим произход), за да опровергае метафизиката на [[Сарвастивада]] и [[Саутрантика]] (изчезнали немахаянски школи). За Нагарджуна не просто съзнателните същества са изпразнени на [[Атман (будизъм)|атман]]; а всички явления ([[Дхарма|дхарми]]) са без никаква [[свабхава]] (буквално „собствена природа“ или „природа“), и по този начин всички те са без никакви същност; те са "празни от това "да бъдат независими, като по този начин неправоверните теории за свабхава, циркулиращи по това време били опровергани въз основа на ученията от началото на будизма. Школата на мисълта на Нагарджуна е известна като [[Мадхямака]]. В някои от писанията Нагарджуна дава изрични препратки към текстове от Махаяна, но неговата философията е заявена в рамките на параметрите, определени от [[Агама (будизъм)|агама]]. Той стига до тези твърдения от желание да се постигне постоянно [[Екзегетика|тълкуване]] на учението на Буда, както е записано в Будисткия канон. В очите на Нагарджуна, Буда не само е предвестник, но е и самият основател на системата Мадхямака.<ref>Christian Lindtner, Master of Wisdom. Dharma Publishing 1997, p. 324.</ref>
Учения на Сарвиставада, които били критикувани от Нагарджуна, след това били преформулирани от учени като [[Васубандху]] и [[Асанга]] и били адаптирани в школата [[Йогачара]] (санскрит: йога практика). Докато школата Мадхямака приела, че утвърждаването на съществуването или несъществуването на всяко истинско нещо, в крайна сметка е неподходящо, някои представители на Йогачара, твърдят че умът и само умът е в крайна сметка е реален (доктрина известна като [[Йогачара|читтаматра]]). Не всички йогачарити твърдят, че умът наистина е съществуващ, например Васубандху и Асанга не подкрепят това твърдение.<ref> Dan Lusthaus, [http://www.acmuller.net/yogacara/articles/intro-uni.htm "What is and isn't Yogacara"]</ref>Тези две философски школи, в опозиция или синтез, формират основата на по-късната метафизика на Махаяна в индо-тибетската традиция.
