Въпреки, че още от [[1992]] г. има слухове, че има досие в архива на [[Държавна сигурност]] под псевдонима Николай, той отрича това. По-късно твърди, че фактът, че са го избрали за конституционен съдия означава, че не е бил агент. По време на кандидат президентската му кампания през 2006 г., вестник [[Монитор (вестник)|Монитор„Монитор“]] публикува документи, за които се твърди, че са личното дело на Марков и в които се казва, че той е агент на ДС от [[1972]] г. Марков твърди, че тези документи са фалшификат.<ref>[http://www.mediapool.bg/show/?storyid=122089&srcpos=37 „Досието на Георги Марков вече е публичен факт“] – [[Mediapool.bg]], 2006-10-09</ref>
С [[s:Решение № 4 на КРДОПБГДСРСБНА#Георги Евдокиев Марков|Решение № 4 от 21.06.2007]] г., както и с [[s:Решение № 10 на КРДОПБГДСРСБНА#Георги Евдокиев Марков|Решение № 10 от 25.07.2007]] г. и [[s:Решение № 14 на КРДОПБГДСРСБНА#Георги Евдокиев Марков|Решение № 14 от 04.09.2007]] г. на Комисията[[Комисия запо разкриванедосиетата|Комисията напо документите и за обявяване на принадлежност на български граждани към [[Държавна сигурностдосиетата]] и разузнавателните служби на БНА се оповестява агентурната дейност на Георги Евдокиев Марков към Втори отдел на Държавна сигурност и на Шесто управление в периода 1971 – 1976 в качеството на агент с псевдоними „Николай“ и „Стефан“ <ref>{{cite web | year = 2007 | url = http://www.comdos.bg/media/stories/reshenia/4.pdf | title = Решение №4 от 21.06.2007 г.| publisher = Комисия за разкриване на документите и за обявяване на принадлежност на български граждани към ДС и разузнавателните служби на БНА | accessdate = 14 юли 2011}}</ref><ref name=comdos10>{{cite web | year = 2007 | url = http://www.comdos.bg/media/stories/reshenia/10.pdf | title = Решение №10 от 25.07.2007 г.| publisher = Комисия за разкриване на документите и за обявяване на принадлежност на български граждани към ДС и разузнавателните служби на БНА | accessdate = 14 юли 2011}}</ref><ref>{{cite web | year = 2007 | url = http://www.comdos.bg/media/stories/reshenia/14.pdf | title = Решение №7 от 04.09.2007 г.| publisher = Комисия за разкриване на документите и за обявяване на принадлежност на български граждани към ДС и разузнавателните служби на БНА | accessdate = 15 юли 2011}}</ref>. След първото решение Марков отново отрича да е писал доноси <ref name="News.bg">{{цитат уеб | уеб_адрес=http://news.ibox.bg/news/id_1236755059 | заглавие=Георги Марков – агент на Шесто |автор= | съавтори= |издател=News.bg | дата=21 юни 2007 | достъп_дата=21 юни 2007| език=bg | език-икона=да }}</ref>. Във второто решение Комисията съобщава за открито от нея в друго дело сведение от агент „Николай“ относно обект на [[ДОП]] „Скакалеца“ прието на 7 декември 1972 по линия „Подготовка и бягство от НРБ“. <ref name=comdos10/> Досието на Марков е унищожено на 18 юни 1990 г.
