За участие във [[България във Втората световна война|Втората световна война]] (1941 – 1945) полкът е формиран на 15 януари 1940 година в [[Крумовград]], под името ''Четиридесет и шести пехотен тунджански полк'', съгласно заповед до [[Десета пехотна беломорска дивизия|10<sup>-ата</sup> пехотна родопска дивизия]] № 2 от 5 май 1940 година. В състава му влизат две дружини. В периода (1941, 1942 и 1944) е на [[Прикриващия фронт]], като мобилизира чинове за формиране на 2<sup>-ра</sup> дружина от [[Седемдесети пехотен полк|70<sup>-ити</sup> пехотен полк]] и 2<sup>-ра</sup> ловна дружина от [[Десети пехотен родопски полк|10-ити пехотен родопски полк]]. След 9 септември 1944 година към 2<sup>-ра</sup> дружина от полка се придава Партизански отряд „Васил Левски“.<ref name="paf" />
През ноември полкът формира 44<sup>-ата</sup> усилена прикриваща дружина в [[Ивайловград]] със задача по прикриване на границата. През декември 1944 г. полкът мобилизира в пълен състав и се отправя към българо-сръбската граница, за да вземе участие във втората фаза на Отечествената война в състава на 10<sup>-ата</sup> пехотна родопска дивизия. През юни 1945 г. се завръща в Крумовград и демобилизира запасните чинове. За проявена храброст в боевете, които води 298 чинове от полка са наградени с [[За храброст|Военен орден „За храброст“]]. По времето, когато полкът е отсъствал от мирновременния си гарнизон, на негово място се формира 44<sup>-та</sup> пехотна допълваща дружина. При съкращаването на армията съгласно мирния договор от 1 януари 1946 г., 44<sup>-ти</sup> пехотен полк се разформира, като до декември 1946 г. остава да действа Ликвидационно бюро.<ref name="paf" /><ref name="dvia">[http://212.122.187.196:84/Process.aspx?type=Fund&agid=40&flgid=5082373 ДВИА, ф. 356, История на фондообразувателя]</ref>
чинове от полка са наградени с [[За храброст|Военен орден „За храброст“]]. По времето, когато полкът е отсъствал от мирновременния си гарнизон, на негово място се формира 44<sup>-а</sup><sup>моля, въведете степен</sup> пехотна допълваща дружина. При съкращаването на армията съгласно мирния договор от 1 януари 1946 г., 44<sup>-и</sup> пехотен полк се разформира, като до декември 1946 г. остава да действа Ликвидационно бюро.<ref name="paf" /><ref name="dvia">[http://212.122.187.196:84/Process.aspx?type=Fund&agid=40&flgid=5082373 ДВИА, ф. 356, История на фондообразувателя]</ref>
