В 14531353 година патриарх Калист I отказва да короняса [[Матей Кантакузин]], сина на Йоан VI Кантакузин, за съимператор и е свален. На негово място през февруари е наложен привърженикапривърженикът на Кантакузин Филотей Кокин, който коронясва изповядалия официално паламизма Матей. През декември 1354 година [[Йоан V Палеолог]] влиза триумфално в Константинопол и принуждава Кантакузин да абдикира, като с него е свален и патриарх Филотей и на негово място е върнат Калист, а крайните мерки срещу антипаламистите от 1351 година са отменени.<ref name=Jugie5>{{cite web|first=Martin|last=Jugie|title=The Palamite Controversy. 5. The condemnation of Prochoros Kydones (1368)|url=http://bekkos.wordpress.com/martin-jugie-the-palamite-controversy/5-the-condemnation-of-prochoros-kydones-1368/|accessdate=6 май 2016}}</ref>
=== Втори патриархат (1364 – 1376) ===
След смъртта на Калист през август 1364 година, на 12 септември за патриарх отново е избран Филотей, който се помирява с Йоан V чрез [[Димитър Кидон]]. Императорът и патриархът се споразумяват тези, които не приемат паламистката доктрина, да бъдат оставени на мира. Фанатичният паламист Филотей обаче не сдържа дълго обещанието си. В 1368 година предприема мерки срещу живеещия във Великата Лавралавра богослов-томист и противник на исихазма [[Прохор Кидон]], брат на Димитър Кидон, който успява да отклони много атонски монаси от паламизма. Кидон е обвинен пред патриарха и призован да се придъра към официалната доктрина, но той продължава да води диспути с паламизма. В крайна сметка през април 1368 година Филотей събира Синод срещу него. Синодът се отнася деликатно с Кидон и му дава много време да се откаже от възгледите си, но Кидон остава непоклатим и на няколко пъти прикрито или открито се подиграва на съдиите си. Присъдата отлъчване е произнесена в отсъствието му, тъй като той не се явява на последното заседание. По този повод е издаден дълъг томос, който завършва с декрет за канонизацията на Григорий Палама и определя втората неделя на Великия пост за негов празник. Томосът от 1368 година слага край на поледицата от паламитски събори и бележи триумфа на паламизма в Православната църква.<ref name=Jugie5/>
Филотей се противопоставя на опитите на император Йоан V да преговаря за уния с папите [[Урбан V]] и [[Григорий XI]]. В 1367 година той се съгласява на събор за уния със Западната църква, но идеята е отхвърлена от пара [[Урбан VI]]. Чрез независимата си църковна политика Филотей успява да обедини зад Вселенската патриаршия православните сърби, българи и руснаци. Съответно Филотей прилага теорията си за примата на Константинополската патриаршия над цялата Източна църква. Филотей активно се намества в политическите и църковните дела в Русия, като консолидира административните функции под един единствен митрополит на Киев и цяла Русия със седалище в Москва - българинът [[Киприан Киевски|Киприан]].<ref name="Encyclopædia Britannica"/>
