Основните планински хребети в [[Хисаро-Алай]] имат широчинно или субширочинно простиране. Западната и средната част на планината са заети от [[Туркестански хребет|Туркестанския]], [[Зеравшански хребет|Зеравшанския]] и [[Хисарски хребет|Хисарския хребети]] и техните разклонения, а [[Алайски хребет|Алайския хребет]] със северните си разклонения (Кичик Алай и др.) образуват източната част. В западната част, продълженията на [[Туркестански хребет|Туркестанския хребет]] (Малгузар, [[Нуратау]] и Актау) се простират далеч на северозапад покрай десния бряг на река [[Зеравшан]], а редица нископланински масиви, т.н. Зирабулак-Зиаетдински планини, са западно продължение на [[Зеравшански хребет|Зеравшанския хребет]] и се простират покрай левия бряг на [[Зеравшан]]. Югозападни продължения на [[Хисарски хребет|Хисарския хребет]] са хребетите [[Байсунтау]] и [[Кугитангтау]], а южни разклонения – хребетите [[Бабатаг]] и [[Каратегински хребет|Каратегински]]. Височината на повечето от хребетите надвишава 5000 m. В източната част на [[Туркестански хребет|Туркестанския хребет]], в района на Матчинския планински възел се извисява пик '''Скалисти 5621 m''' ({{coord|39|37|10|N|70|43|08|E}}), най-високата точка на цялата планинска система на Хисаро-Алай. При стиковането на [[Зеравшански хребет|Зеравшанския]] и [[Алайски хребет|Алайския хребети]] се издига пик Игла (5301 m), източно от нея се намира най-високата точка на [[Алайски хребет|Алайския хребет]] (5544 m), а в средната част на [[Зеравшански хребет|Зеравшанския хребет]] е връх Чимтарга (5489 m).<ref name="bse"></ref>
Основните гребени на [[Туркестански хребет|Туркестанския]], [[Зеравшански хребет|Зеравшанския]], [[Хисарски хребет|Хисарския]] и [[Алайски хребет|Алайския хребети]] и някои от най-високите предпланински хребети (Кичик Алай и др.) имат типичен алпийски релеф. В северните предни планински ридове на [[Алайски хребет|Алайския]] и [[Туркестански хребет|Туркестанския хребети]], в западната част на Туркестанския хребет и неговите разклонения, в хребета [[Нуратау]] и др. добре са се съхранили плоските заравнени повърхнини, изпитали през неогена и плейстоцена тектонски деформации във вид на дълги сводообразни издутини. Техните платообразни билни части и склонове са силно разчленени от дълбоки долини и дефилета. По северните подножия на Алайския и |Туркестанския хребети, Кичик Алай и др. са развити силно разчленени льосови предпланински заравнености, носещи названието „адири“. Във варовиците на [[Зеравшански хребет|Зеравшанския хребет]] и северните склонове на [[Алайски хребет|Алайския]] и [[Туркестански хребет|Туркестанския хребети]] широко разпространение имат карстовите форми.<ref name="bse"></ref>
