''/Данни от Националния регистър на недвижимите културни ценности, в който се вписват актовете на органите по чл. 65 и Публичния регистър на издадените по чл. 59, ал. 1 декларационни актове и на актовете за прекратяване на временния режим/''</ref>
Днес храмът е възстановен в първоначалния си вид, а именно - като трикорабна кръстокуполнакуполна базилика, с три масивни апсиди (олтара). Нейният план е замислен и осъществен върху основната идея - латински кръст с удължено източно рамо и купол, центриран върху пресечната точка на кръстовидния план. Тази основна идея е дисциплинираща в изграждането и оформянето като на вътрешното пространство, така и на силно въздействащите външни обемни решения. Църковните ритуали при избирането на българските [[патриарх|патриарси]] в ново време са свързани с този древенраннохристиянски храм. Реставрацията на екстериора на църквата е извършена в периода 1980 – 1981 г. по проект и под ръководството на арх. Хр. Ганчев и арх. Д.Дамянов от Националния институт за паметниците на културата. През 1986 г. колектив с ръководител арх. Хр. Ганчев разработва Концепция и програма за консервация, реставрация и експониране на интериора на църквата „Св. София“. Работата по консервацията и експонирането на интериора и гробниците и изграждането на първия и единствен подземен музей в София е извършена по проект на арх. Васил Китов и е завършена в периода 2012 – 2013 година.
Археологическите проучвания, а и случайни изкопи, непрестанно разкриват нови страни на християнската древност, съхранили сесъхранени тук. През 1980-те и 1990-те години, след като църквата отново е реставрирана и консервирана с образ най-близък с късноантичния и средновековен(ранносредновековен) оригинал, а на южната ѝ фасада е възстановен главният официален мемориал на Република България – Гробът на Незнайния войн, по проект на [[Никола Николов (архитект)|арх. Никола Николов]]. Тогава под нея и в непосредствена близост са открити още няколко гробници и гробнична архитектура. Това дава ход на сложен дългогодишен архитектурно-исторически проект за подробно изследване, консервация, реставрация и социализиране на целия комплекс.
От [[Бомбардировки на България|англо-американските бомбардировки на София]] в [[1944]] г. пострадала подобно на съборната църква „Свети Александър Невски“, щети понася и "Света София". Днес църквата „Света София“ е сред най-значимите архитектурни ценности, запазени от ранното християнско развитие на Югоизточна Европа, със световно значение.
