Франц Ернст фон Валдбург цу Цайл и Вурцах се жени на 26 февруари 1729 г. за графиня Мария Елеонора фон Кьонигсег-Ротенфелс (* 4 юли 1711; † 15 декември 1766), дъщеря на граф [[Албрехт Евзебий Франц фон Кьонигсег-Ротенфелс]] (1669 – 1736) и графиня Мария Клара Филипина Фелицитас фон Мандершайд-Бланкенхайм (1667 – 1751). Те имат 18 деца:<ref>[http://genealogy.euweb.cz/waldburg/waldburg6.html ''Waldburg 6''], genealogy.euweb.cz</ref><ref>[http://ww-person.com/cgi-bin/l1/LANG=germ/INDEX=I419554 ''Franz Ernst Joseph Anton Erbtruchsess Graf v.Waldburg zu Zeil u. Friedberg''], ww-person.com</ref><ref>[http://www.genealogics.org/getperson.php?personID=I00025541&tree=LEO ''Graf Franz Ernst von Waldburg-Zeil-Wurzach Reichserbtruchsess''], Genealogics ~ Leo van de Pas and now Ian Fettes</ref>
* [[Еберхард I фон Валдбург-Цайл-Вурцах|Еберхард I]] Алберт Ернст Вунибалд Мария фон Валдбург цу Цайл-Вурцах (20 декември 1730 – 23 септември 1807), имперски княз на 21 март 1803 (Виена), женен на 6 май 1767 г. за графиня Мария Катарина Анна Михаела Йохана Непомуцена [[Фугери|Фугер-Кирхберг-Вайсенхорн]] (6 юни 1744 – 4 април 1796)
