Усвояването на Индигирка започва през 1636 г., когато в устието ѝ пристигат тоболските [[казаци]] на [[Иван Ребров]], а горното ѝ течение е достигнато от якутски казаци през 1637 г. През 1638-41 г. [[Иван Ребров]] се изкачва на 600 km нагоре по реката до устието на левиятлевия ѝ приток [[Уяндина]]. В същия този период, през 1639 г. в средното течение на реката енисейският казак Постник Иванов основава селището Зашиверск. През първата половина на XVIII век в делтата на Индигирка вече съществува селището [[Руское Устие]]. През 1739 г. Иван Киндяков (от отряда на лейтенант [[Дмитрий Лаптев]]) извършва първото сравнително точно картиране на долното течение на реката. Към края на XIX век в долното течение на реката вече има 29 селища. Особено значение в изучаването на реката и нейния водосборен басейн има руския учен от полски произход [[Ян Черски]], който извършва своите изследвания през 1891 г. През 1929 г. експедиция ръководено от руския учен [[Сергей Обручев]] описва и съставя карта на планинската верига [[Черски (хребет)|Черски]] и дава първата съвременна конфигурация на речната система на на реката. На базата на тези изследвания и руският топограф Юрий Чирихин съставя първият атлас на реката и нейния водосборен басейн. През следващата 1931 г. в района работи Индигирската експедиция на Наркомвод на СССР начело с Владимир Данилович Бусик. През 1936 г. е открита първата хидрометеорологическа станция на реката при село Воронцово. От 1947 до 1962 г. целият водосборен басейн на Индигирка е покрит с пълна топографска снимка, на базата на която са изработени точни топографски карти. В периода от 1970-те до 1990-те години се водят изследвания на коритото на реката от географския факултет на [[МДУ]].<ref name="water"/>
