Освен че манастирът е давал подслон, в него са се провеждали заседания. През октомври 1905 г. в манастира цял месец е траел '''Рилският конгрес''' – общ конгрес на Тайната македоно-одринска революционна организация ([[ВМОРО]]), на който се дава оценка на досегашната дейност на организацията на [[Илинденското въстание]], а има и бурни дискусии относно бъдещето на ВМОРО. За председател на конгреса е бил определен изтъкнатият лидер [[Даме Груев]], а в конгреса са участвали видни български революционери като [[Христо Чернопеев]], [[Яне Сандански]], [[Пере Тошев]], [[Гьорче Петров]], [[Борис Сарафов]], [[Георги Попхристов]], [[Петър Кушев]], [[Мише Развигоров]], [[Климент Шапкарев]], [[Павел Христов (революционер)|Павел Христов]], [[Добри Даскалов]], [[Лазар Томов]] и др. След Рилския конгрес се стига до разцепление в Организацията, което става окончателно след героичната гибел на Груев през 1906 г.
