Финансовите въпроси на Меси станаха обект на разследване през 2013 г. за предполагаемо укриване на данъци. Офшорни компании в данъчни убежища [[Уругвай]] и [[Белиз]] са били използвани за избягване на € 4,1 милиона данъци, свързани с доходи от спонсорство между 2007 и 2009 г. Несвързана компания в [[Панама]], създадена през 2012 г., впоследствие бе определена като принадлежаща към фамилията Mеси в изтекла информация от [[Досиета от Панама]]. Меси, който се позовава на невежеството на предполагаемата схема, доброволно плаща неизплатени суми в размер на 5,1 млн. Евро през август 2013 г. Той е изправен пред съда заедно с баща си на три пъти за укриване на данъци през май 2016 г. <ref>{{cite news |first=Mauritius |last=Much |first2=Bastian |last2=Obermayer |title=The Small Kaiser |newspaper=Süddeutsche Zeitung |date=5 април 2016 |url=http://panamapapers.sueddeutsche.de/articles/57021852a1bb8d3c3495b438/ |accessdate=10 април 2016}}</ref>. На 6 юли 2016 г. Меси и баща му са признати за виновни за данъчни измами и са им връчени 21-месечни затворнически присъди и съответно осъдени да платят суми в размер на 1,7 млн. евро и 1,4 млн. евро за глоби. <ref>{{Cite news |url=https://www.si.com/planet-futbol/2016/07/06/lionel-messi-tax-fraud-prison-jail-sentence |title=Messi, father guilty of tax fraud, given suspended 21-month sentences |work=SI.com |date=6 юли 2016 |accessdate=6 юли 2016}}</ref>
Докато окръжният прокурор не смята, че има причини да обвини Меси, адвокатката на държавния кабинет остава единствената страна, която е искала да му се наложи наказание, независимо от твърденията му, че не е знаел за каквито и да е сделки, които се извършват с парите му. Изправен пред съдията, той каза: „Просто играх футбол.“ <ref>{{Cite news |url=http://www.espnfc.com/spanish-primera-division/story/2884966/barcelonas-lionel-messi-in-tax-court-i-played-football-and-trusted-my-dad |title=Barcelona's Lionel Messi in tax court: I played football and trusted my father |work=ESPN FC |date=2 юни 2016}}</ref>
