В периода 30 септември 1959 – 20 август 1964 г. е началник на [[Военно училище|Военното училище]]. От 1961 г. е генерал-майор. Кандидат на военните науки.
Като командир на Първа армия , през март 1973г Карамфилов ръководи операция срещу опитите на помашкото( българи-мохамедани) население в благоевградски окръг да организира сепаратистка организация като помаците провъзгласяват т.нар."Корнишка република" която съпротива е организирана от помаците във връзка с взетото решение през юли 1970 г.от Политбюро ЦК на БКП “За провеждане на комплекс от мероприятия за националното осъзнаване и патриотичното възпитание на българите мохамедани” .Опитите за мирно прекратяване на метежа се оказват безуспешни. Бунтът продължава с пълна сила. Помаците започват да пишат жалби до ЦК на БКП, Министерски съвет, Народна просвета, както и една молба до народният им представител ген.[[Крум Радонов]]. С Радонов идва да разговаря с помашкото население и Карамфилов.След като опитите за мирно решение са изчерпани,на 28 март към 4,30 ч селото е атакувано. От Благоевград, Петрич, Разлог, Банско и Гоце Делчев пристигат пожарни, конна милиция, близо 2000 военни и доброволци, въоръжени с танкове , камиони и БТР.
От 1981 до 1989 г. е заместник-министър на народната отбрана.В това си качесвто ген. Борис Карамфилов е член на Комисията за земята при Министерство на земеделието и горите 1986 – 1989 г., и зам.председател на Националния съвет по водите към Министерство на земеделието и горите 1986 – 1990 г. както и зам.председател на Правителствената комисия по въоръженията и продоволствията при МС 1987 – 1989 г. По време на организирания "дворцов преврат" на 10 ноември 1989г срещу Генералния секретар на ЦК на БКП и председател на Държавния съвет на НРБ [[Тодор Живков]] завършил с неговото освобождаване и сваляне от власт , като зам.министър на народната отбрана ген.Борис Карамфилов се обявява в подкрепа на Т.Живков и е против неговото сваляне. Заради това през декевмри 1989г генерал Борис Карамфилов е освободен от поста зам.министър на народната отбрана и пенсиониран по предложение на министъра на народната отбрана ген.[[Добри Джуров]] и с указ на Държавния съвет начело с [[Петър Младенов]].
Член е на ЦК на БКП от 1986 година. Народен представител в 7, 8 и 9 народни събрания.<ref>Народни представители в девето народно събрание на Народна република България, Изд. Наука и изкуство, 1987, с. 86</ref>. Член на комисията по духовни ценности в 7 народно събрание и на Комисията за опазване и възпроизводство на природната среда в 9-то народно събрание. Ръководи строежа на [[Национален дворец на културата|Националния дворец на културата]].
