През 1997 дебютира за [[Боавища]], когато е на 18 години. През 1996/97 печели купата на Португалия. Нуно Гомеш е закупен от в Бенфика през сезон 1997 и играе там 3 години. Вкарва 60 гола в над 100 мача. Участва на Евро 2000, като вкарва 4 гола в турнира и е в иделаният му отбор. След края на първенството е купен от [[Фиорентина]] за 17 милиона евро. Там той играе със сънародника си [[Руи Коща]]. С двамата португалци в състава си ''Виола'' печелят купата на Италия. През [[2002]] отборът претърпява фалит и Нуно се връща в [[Бенфика]]. Участва на [[Мондиал 2002]], където вкарва 1 гол. С Бенфика печели купата на страната през 2003/04. На [[Евро 2004]] вкарва един гол срещу Испания. През сезон 2005/06 Нуно вкарва 15 гола в шампионата и е втори голмайстор. В сезон 2008 нападателят наследява капитанската лента на лисабонци от [[Руи Коща]]. На 2 октомври вкарва своят гол номер 150 за "орлите". Това става срещу Наполи в Купата на УЕФА. През сезон 2010/11 вкарва 5 гола, след като за цял сезон е играл само 71 минути. След края на сезона е освободен от [[Бенфика]] и подписва като свободен агент с Брага. В Брага Гомеш изживява своята втора младост, като вкарва 4 гола в 8 мача и отново е повикан в националниятнационалния отбор. На 7 октомври 2011 влиза като резерва в 88 минута срещу [[Исландия]], като това е негов първи мач за Португалия от 2008 година насам. На 3 юли 2012 подписва договор за 2 години с Блекбърн.
