Академията е основана през 2010 г. от македонската футболна суперзвезда [[Горан Пандев]], на когото носи името.<ref name="macedonianfootball">{{cite web|url=http://www.macedonianfootball.com/index.php?option=com_content&view=article&id=7703:akademija-pandev&catid=23:3-liga-istok-third-league-east|title=Macedonian Football.com – Makedonski Fudbal.com – Macedonian Football (soccer) website | Akademija Pandev|publisher=macedonianfootball.com|accessdate=10 март 2016}}</ref> От 2014 г. Академията има мъжки отбор, който се състезава в македонските футболни лиги. През 2017 г. той печели промоция за [[Първа македонска футболна лига]].<ref>{{cite web|url=http://macedonianfootball.com/index.php?option=com_content&view=article&id=8417:akademija-pandev-wins-historic-1mfl-promotion&catid=1:domestic&Itemid=63|title=Akademija Pandev wins historic 1.MFL promotion|publisher=MacedonianFootball.com|date=22 април 2017|accessdate=23 април 2017}}</ref>
