За кратко Черчесов поема австрийският Кувщайн, след което 2 години е начело на Вакер-Тирол, наследник на ФК Тирол. От 2007 до 2008 е начело на [[ФК Спартак Москва]]. След загубата с 5 – 1 от вечниятвечния враг – ЦСКА Москва, Черчесов гони от първиятпървия тим трима от основните играчи на отбора – [[Егор Титов]], [[Моцарт (футболист)|Моцарт Сантос]] и [[Максим Калиниченко]]. И тримата напускат отбора. На 13 август Спартак отново е разгромен – този път от Динамо Киев с 4 на 1 насред [[Стадион Лужники|Лужники]]. След този разгром Черчесов подава оставка. През декември 2010 е назначен за треньор на Жемчужина. От края на септември 2011 е треньор на Терек. От 2013 е треньор на Амкар Перм. От [[9 април]] [[2014]] до [[13 юли]] [[2015]] г. е треньор на [[ФК Динамо (Москва)|Динамо Москва]]. От [[6 октомври]] [[2015]] г. до [[3 юни]] [[2016]] г. е треньор на [[Полша|полския]] [[ФК Легия (Варшава)|Легия Варшава]].
