През 1859 г., когато е публикувана ''[[Произход на видовете]]'' на [[Чарлз Дарвин]], фосилният архив е слабо познат, поради което Дарвин посочва липсата на преходни фосили като „най-очевидното и най-голямо възражение, което може да се направи срещу теорията ми“. Той все пак дава обяснение за това, като посочва изключителните несъвършенства на геологичния архив по онова време.<ref>{{harvnb|Darwin|1859|p = [http://darwin-online.org.uk/content/frameset?viewtype=text&itemID=F373&pageseq=297 279- – 280]}}</ref> Той обръща внимание на слабата събираемост на фосили, но описва наличната информация като показваща модели, които следват от неговата теория за [[еволюция|онаследяване с модификации]] и [[естествен отбор]].<ref>{{harvnb|Darwin|1859|p = [http://darwin-online.org.uk/content/frameset?viewtype=text&itemID=F373&pageseq=359 341- – 343]}}</ref> [[Археоптерикс]]ът е открит само две години по-късно, през 1861 г., и представлява класическа преходна форма между динозаврите и птиците. От тогава до днес са открити много други преходни фосили и поради това се смята, че са налице обилни доказателства за връзките между главните групи животни.<ref name = "NS2645">{{Cite journal|publisher = [[New Scientist]]|date = 27 февруари 2008|issue = 2645|pages = 35–4035 – 40|url = http://www.newscientist.com/article/mg19726451.700-evolution-what-missing-link.html?full=true|title = Evolution: What missing link?|first = D|last = Prothero|ref = harv}}</ref>
