Амейците започват участието си в Лига Европа от трети квалификационен кръг срещу ирландскияФК Дери Сити, а в плейофите отстраняват и отборът на Динамо Москва. На жребия ЦСКА попада в група „Е“ заедно с отборите на АС Рома, ФК Фулъм и ФК Базел. Във вътрешното първенство армейците имат 4 поредни победи без допуснат гол и общо 9 мача без загуба. На 7 септември2009 е свикана конференция на която е обявено че ЦСКА има нов генерален спонсор - мобилният оператор Глобул. След загубите от Миньор и Литекс в „А“ група и Базел в Лига Европа треньорът на ЦСКА Любослав Пенев отстранява футболистите Давид Да Силва, Иван Караджов, Йордан Тодоров, Павел Виданов, Кирил Котев, Иван Иванов, Маркиньос, Тодор Тимонов, Светослав Петров заради неспазване на режима[1]. На следващия ден президентът на ЦСКА Димитър Борисов опрощава наказанията на Тодор Тимонов, Павел Виданов, Маркиньос и Давид Силва[2]. След вторият мач с Базел Любо Пенев обяви, че ще подаде оставка заради намесата на ръководството в спортно-техническите решения[3]. Въпреки че е подал оставка Любо Пенев води отбора в следващия кръг от „А“ група срещу Славия. След изразената подкрепа от страна на феновете и обещание от страна на ръководството за ненамеса в решенията му Пенев склони да остане в отбора и оттегли оставката си[4]. Въпреки амнистирането на провинилите се футболисти, някои от тях не вземат участие до края на полусезона. В последните мачове ЦСКА записа три поредни равенства и остана на 2-ро място във временното класиране след изиграването на есенния полусезон, на 4 точки от първия Литекс. В Купата на България ЦСКА отстрани отборите на Свиленград и Литекс и ще участва на четвъртфинал през пролетта. В Лига Европа армейците останаха на последно място в групата с 1 спечелена точка срещу Фулъм в София и 5 загуби.
На 13 януари2010Любослав Пенев е освободен, след събрания на НС и УС, заради разминаване в целите. [5] На следващия ден е обявено, че новият треньор на ЦСКА ще е Миодраг Йешич[6]. Йешич обаче не успява да прекрати договора си с либийския Ал Итихад.[7] На 17 януари 2010 на пресконференция официално е обявено, че новият треньор на отбора е румънецът Йоан Андоне. След началото на полусезона ЦСКА записва лоши игри и от 5 мача печели само 2. В мача срещу Локомотив (Мездра) фенове на ЦСКА навлизат на стадиона за саморазправа с играчите и ръководството. Мачът е спрян и на ЦСКА е присъдена загуба с 3:0. На 30 март официално е обявено, че Йоан Андоне напуска отбора, а на негово място е назначен Адалберт Зафиров. ЦСКА отпада от купата на България в мач срещу бъдещият носител Берое. На 22 април за старши треньор е назначен Димитър Пенев, който ще води отбора заедно с главния мениджър Зафиров, тъй като Зафиров няма лиценз УЕФА „Про“. До края на сезона част от чужденците напускат отбора по взаимно съгласие. ЦСКА завършва сезона на 2-ро място след новият шампион Литекс и ще играе от трети предварителен кръг в Лига Европаследващият сезон. На 13 май официално е обявено, че треньор на отбора от 30 юни2010 ще е Павел Дочев
ЦСКА започна участието си в Лига Европа на 30 юли2009 в мач от 3-тия предварителен кръг срещу ирландскиятДери Сити. Реваншите са на 6 август. Жребият за кръга бе изтеглен на 17 юли. Срещу Дери Сити армейците взеха една победа в София и равенство в Дери. На плейофа ЦСКА среща Динамо (Москва). Първата среща в София завършва с 0:0. На реваншът в Химки, въпреки че Динамо (Москва) са сочени от букмейкърите за абсолютен фаворит, ЦСКА успява да победи с 2:1 с голове на Спас Делев и Иван Иванов. С тази победа армейците се класираха в груповата фаза където записаха едно равенство срещу ФК Фулъм в София и пет загуби от АС Рома, ФК Базел и ФК Фулъм в Лондон. Заради неуспехите си ЦСКА остана на последното 4-то място в класирането в групата с една точка и голова разлика 2:12. Точките които ще се добави към коефициента догодина е 2,625 и е минималният за участие на отбор в групите тъй като ЦСКА има по-малко спечелени точки от давания от УЕФА минимум (2,000).
Мачът от 19 кръг на „А“ група Локомотив (Мездра) – ЦСКА е прекратен в 64-тата минута при резултат 1:0 поради навлизане на фенове. ЦСКА са наказани с лишаване от домакинстзо за 3 мача и служебна загуба с 4:0
Ботев (Пловдив) са извадени от „А“ група, а в оставащите им мачове е присъдена служебна победа с 3:0 за противника.
Заб. Цифрите в скобите се отнасят за мачове в които футболистът е взел участие като резерва. Вратарите имат допуснати голове които са представени като отрицателни числа.
↑Отборът на ЦСКА е наказан с лишаване от домакинство
↑Спортист (Своге) не можа да лицензира стадионът си навреме, за мача с ЦСКА
↑Динамо (Москва) играе на стадион Арена Химки в Химки поради ремонт на стадион Динамо в Москва
↑Пирин приема ЦСКА на Осогово в Кюстендил поради ремонт на стадион Христо Ботев в Благоевград
↑Мачът е прекратен в 65-ата минута при резултат 1:0 за Локомотив (Мездра) заради нахлуване на фенове на терена. Впоследствие е присъден служебен резултат 4:0 за Локомотив (Мездра)
↑ абвЗаради нахлуването на феновете на ЦСКА на терена по време на мача Локомотив (Мездра) – ЦСКА армейците са наказани с лишаване от домакинство за 3 мача
↑Ботев за извадени от „А“ група и губят мача си с ЦСКА служебно с 3:0
↑Миньор ще приемат ЦСКА на стадион Локомотив в София заради наказание.
↑отложен заради участието на ЦСКА в турнира „Юлиян Манзаров“
↑отложен заради инцидент с вратаря на ЦСКА Кристиян Борисов
ФК Базел
35' Маркос Гелаберт 
ФК Жилина
Аустрия (Кертен)
Спарта (Прага)
Фехервар
Дуйсбург
Ренова (Тетово)
Интер (Баку)
Волга (Нижний Новгород)
