През лятото на 1989 г. Независимото дружество за защита правата на човека е оглавено от свързвания с [[Държавна сигурност]] [[Румен Воденичаров]]<ref>{{cite web | last = Чернева | first = Димитрина | year = 2009 | url = http://www.bghelsinki.org/bg/publikacii/obektiv/dimitrina-cherneva/2009-11/bivshite-generali-ot-drzhavna-sigurnost-sa-osnovnite-kuklovodi-na-prehoda/ | title = Бившите генерали от Държавна сигурност са основните кукловоди на прехода | work = bghelsinki.org | publisher = Български хелзинкски комитет | accessdate = 27 януари 2016}}</ref> и в този вид става част от [[СДС]], а Минев остава в изолация и забвение повече от 10 години до смъртта си. На 20 февруари 1990 г. официозът в-к „[[Работническо дело]]“ излиза с информация, че дружеството се разграничава от своя основател. Като цяло не се отказва от идеите на СБНЛ, включително и след 1989 г. Започва да издава вестник „Свободно слово“.<ref name=gov>{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://www.decommunization.org/Articles/TYanakiev2.htm | заглавие = Илия Минев – антиподът на българите в името на България | достъп_дата = 13 юли 2014 | автор = Тодор Янакиев | дата = 7 януари 2010 | издател = Декомунизация.org}}</ref>
Година преди смъртта му, през януари 1999 г., осем партии и движения внасят при тогавашния президент [[Петър Стоянов]] предложение да бъде награден с орден „Мадарски конник“ за заслуги към България, но без резултат. Умира на 6 януари 2000 г. на 82-годишна възраст, в мизерия и самота, в старчески дом в Пазарджик. Погребан е в гробищата на гр. Септември. На погребението на Минев се появяват високопоставени представители на управляващия тогава [[СДС]], но са освиркани. На гроба му по-късно е поставен достоен паметник.
