Стефан Попов е роден на 11 март 1872 г. във Варна. През 1892 г. завършва военното училище в София, като на 2 август е произведен в чин [[подпоручик]], а на 2 август 1895 г. е чин [[поручик]]. През 1901 г. завършва Генралщабната академия в [[Санкт-Петербург]] и е произведен в чин [[капитан]]. Като младши офицер е зачислен в 5-ти пехотен дунавски полк. На 31 декември 1906 г. е произведен в чин [[майор]], а през 1909 е старши адютант в 5-та пехотна дивизия. На 1 януари 1911 г. е произведен в чин [[подполковник]], а на 14 февруари 1914 г. в чин [[полковник]].
