На 9 януари 1937 г. е назначен за началник на Щаба на армията, която длъжност заема до смъртта си.
ИванЙордан Пеев е убит на 10 октомври 1938 в центъра на София, около 15 часа на тротоара пред министерството на правосъдието, на десетина крачки от улица „Бенковски“. Заедно с него е убит майор Димитър Стоянов, а нападателят се прострелва в главата и умира няколко часа по-късно. Убиецът е Стоил Киров, психически неуравновесен безработен, лежал в затвора за убийство, който изглежда действа самостоятелно и без политически мотиви, като има за цел да убие известна личност преди смъртта си.<ref name="марков">{{cite book | last = Марков | first = Георги | authorlink = Георги Марков (историк) | year = 2003 | title = Покушения, насилие и политика в България 1878-1947 | publisher = Военно издателство | location = София | pages = 281-290 | isbn = 954-509-239-4}}</ref>
