След това Дон Жуау възстановява политиката на [[Велики географски открития|изследванияпътешествия]] в [[Атланически океан|Атланическия океан]], подновявайкипродължавайки работатаделото на своя чичо [[Енрике МораплавателяМореплавателя]]. Те се превръщат в основен приоритет на управлението му. През [[1483]] [[Диогу Кау]] достига до река [[Конго]], през [[1488]] [[Бартолумеу Диаш]] заобикаля нос [[Добра Надежда]], а през [[1493]] [[Алваро Каминя]] започва заселването на островите [[Сао Томе и Принсипе]]. Изпратени са и наземни експедиции към [[Индия]] и [[Етиопия]], които, водени от [[Афонсу Пайва]] и [[Перу да Кувилян]], трябва да открият легендария [[презвитер Йоан]].
Пълната история на португалските географски открития е неизвестна. Голяма част от данните са пазени в тайна, заради конкуренцията със съседна Кастилия, а архивите от този период са унищожени при [[Лисабонско земетресение|Лисабонското земетресение]] през [[1755]].
