През 1469 година (когато баща му Хуан II Арагонски е още жив), Фернандо се жени за Исабела, тогава принцеса, а по-късно и [[Крал на Кастилия|кралица на Кастилия]]. След смъртта на Хуаннейния IIбрат [[Енрике IV (Кастилия)|Енрике IV]] през 14791474 г. Фернандозапочва заставагражданска начеловойна наза двете[[Кастилска най-силникорона|кастилската кралствакорона]], натъй полуострова –като Арагон иосвен Кастилия.Исабела Следкъм смърттанея наима Енрикепретенции IVи прездъщерята 1474 г.на претенциитеЕнрике наЖуана, неговатаподкрепяна дъщеряот Жуанамайка заси [[КастилскаЖуана коронаПортугалска (кралица на Кастилия)|кастилскатаЖуана коронаПортугалска]],подкрепении отнейния брат [[Афонсу V]] (който възнамерявал да се ожени за неяЖуана) довеждат до гражданска война между поддръжниците на Исабела и Хуана. В решителната битка при Торо на 1 март 1476 г. побеждават кастилците, а войната между поддръжниците на Исабела и Хуана приключва окончателно с договора от Алкасоваш от 1479-та година с признаването на Исабела за [[Крал на Кастилия|кралица на Кастилия]]. Така след смъртта на бащата на Исабела Хуан II, настъпила също през 1479 г., Фернандо и Исабела застават заедно начело на двете най-силни кралства на полуострова – Арагон и Кастилия.
При управлението на Фернандо и Исабела с превземането на Гранада на 2-ри януари 1492 г. е ликвидирано последното мюсюлманско владение на [[Пиренейски полуостров|Пиренейския полуостров]] – султаната на Гранада и завършва насилствената християнизация на мюсюлманите и евреите в страната, което донася на двамата прозвището ''Католическите крале''.
