Веднага след учредяването на Екзархията Цариградската патриаршия се обявява против. През май 1872 г.година Българската екзархия се обявява за автокефална (независима), а не за автономна, каквато е според султанския ферман. Това нарушение на каноните е използвано от Цариградската патриаршия като повод да обяви на [[16 септември]] [[1872]] ггодина. [[Българска православна църква|Българската православна църква]] за [[схизма]]тична. От присъстващите източни патриарси единствено патриархът на Йерусалим [[Кирил ІІ]] не се съгласява с обявяването на схизмата и напуска събора, след което е низвергнат от сан. Схизмата нанася голям удар върху вътрешното състояние и международния авторитет на Българската православна църква и я изолира от православния свят.
Един месец след избирането на новия български екзарх - [[Стефан (екзарх)|Стефан]], на [[22 февруари]] [[1945]] г.година, Цариградската патриаршия сваля схизмата и признава автокефалията на Българската православна църква. По този начин се дава възможност през [[1953]] ггодина. последната да възстанови патриаршеския си статут с първи съвременен патриарх [[Кирил (български патриарх)|Кирил]].
