Реката води началото си от [[Ангарски хребет|Ангарския хребет]] и протича по [[Средносибирско плато|Средносибирското плато]]. В горното си течение тече в широка и дълбока долиндолина и носи името '''Катанга'''. Подкаменна Тунгуска е предимно планинска река с бързеи. На много места тя прорязва с прагове твърди вулканични скали и образува тесни дефилета. Праговете по склоновете на долината образуват характерни стъпаловидни образувания или ''стълба''. Частта от реката след вливането на притока [[Тетере]], носи името ''Катанга'' и се характеризира с тесни участъци с прагове със скорост на течението до 3 – 4 m/s.<ref name = b>{{статьяcite book | заглавиеtitle = Большая советская энциклопедия | автор изданияauthor = Б.А.Введенский | изданиеedition = II | местоlocation = Москва | издательствоpublisher = ПГК им.Молотова | годyear = 13.08.1956 г. | томchapter = 43 | страницыpage = 393 }}</ref> Най-важните прагове на реката са Големия праг на 535 km от устието, Брашнения (417 km), Полигузките (471 – 474 km) и Велминските прагове (254 km). На 250 km от устието, долината отново се разширява до двадесет и повече километра. Тази част от руслото на Подкаменна Тунгуска'' изобилства с плитки участъци.
