В източната част на общината протича част от най-горното на река [[Сенковец]] (Сазлъка, десен приток на [[Дунав]]). Тя извира при село [[Висока поляна (Област Шумен)|Висока поляна]] ([[Община Хитрино]], [[Област Шумен]]) и след около 3 km навлиза на територията на Общинаобщина Самуил. Преминава покрай селата [[Кривица]], [[Голяма вода]], [[Кара Михал (село)|Кара Михал]] и [[Ножарово]] и северозападно от последното навлиза в [[Община Исперих]]. По цялото си протежение в общината реката тече в дълбока, на места каньоновидна долина, всечена на 50-70 m спрямо околния терен. През село [[Здравец (Област Разград)|Здравец]] протича най-горното течение на десният ѝ приток река Ясенковец.
Поради по-високо издигнатия релеф на Общинаобщина Самуил спрямо околните общини от нея водят началото си и протичат с най-горните си течения две по-големи реки: [[Царацар]] и [[Война (река)|Война]]. Река [[Царацар]] (Демирбаба, Крапинец, десен приток на [[Дунав]]) води началото си от извор-чешма в южната част на село [[Хърсово (Област Разград)|Хърсово]], преминава през центъра на селото и на около 6 km след него навлиза в [[Община Исперих]]. Река [[Война (река)|Война]] също води началото си от извор-чешма в източната част на село [[Самуил (село)|Самуил]], преминава между селата [[Хърсово (Област Разград)|Хърсово]] и [[Голям извор (Област Разград)|Голям извор]] и също навлиза на територията на [[Община Исперих]]. В Община Самуил техните долини са плитки и с полегати склонове за разлика от тези надолу по теченията им.
На територията на Общинаобщина Самуил има изградени няколко микроязовира, водите на които основно се използват за напояване на земеделските земи в региона. По-големи от тях са: „Кара Михал“ (на река [[Сенковец]]), „Хърсово“ (на река [[Царацар]]), „Желязковец“ и др.
