Още по време на процесите комунистическото ръководство критикува неговата работата на Народния съд. През декември 1944 година секретарят на Централния комитет [[Трайчо Костов]] се изказва неодобрително за присъствието на твърде малко публика и прекалено много чуждестранни кореспонденти, за липсата на самопризнания и това, че на подсъдимите се дава възможност да говорят твърде много. През август 1945 година, след края на процесите, макар и да дава обща положителна оценка, Костов осъжда недостатъчната активност на съдилищата, мекушавостта на главния обвинител (опитал се да избегне смъртната присъда на принц Кирил, позовавайки се на негови умствени дефекти), включването в съдебните състави на прекалено много юристи, склонни да се придържат към формалните изисквания на законите, вместо към политическата целесъобразност.<ref name="шарланов">{{cite book | last = Шарланов | first = Диню | year = 2009 | title = История на комунизма в България. Том I. Комунизирането на България | publisher = Сиела | location = София | isbn = 978-954-28-0543-4 | pages = 296 – 297, 299 – 300}}</ref>
От някои изследователи се оспорва конституционността на Наредбата-закон и учредяването на самия съд. Също така, те посочват съдът като нарушение на прокламираните от ОФ искания за „''възстановяване на всички политически и граждански права и свободи''“.
