[[Файл:Sofia_sv_Sophia_1878.jpg|мини|ляво|„Света София“, гравюра от 1878 г.]]
След османското нашествие базиликатахрамът е превърнатапревърнат в [[джамия]] – издигнати са минарета и са унищожени уникалните стенописистенописите (открити са следитехни наследи, такивадатирани от XII век, предхождащи тезистенописите отна [[Боянска църква|Боянската църква]]). Най-вероятно сградата за пръв път е разрушена по време на [[земетресение]]то от средата на [[XV век]]. В края на [[XVI век]] тя е отново възстановена като джамия от османския велик везир от хърватски произход [[Сиявуш паша]].<ref>{{cite book | last = Авдев | first = Стоян | year = 2007 | title = Разрушителните исторически земетресения в София | publisher = Бесике | location = София | isbn = 978-954-916-354-4 | pages = 9 – 10}}</ref> Отново през [[1818]] г. и [[1858]] г. сградата пострадва сериозно от силни земетръси, [[едно минаре]]то пада, иа сред турците се пуска мълвата, че са разгневили гяурския Господ и джамията е окончателно изоставена. Оцелялата част е превърната нав склад, икойто се използва като такъв до [[Освобождението]], когато на [[4 януари]] [[1878]] г., когато пред сградата с благодарствен молебен тържествено са посрещнати войските на руските освободители на генерал [[Гурко]].
За кратко към края на XIX век сградата е използвана като наблюдателната кула на столичната пожарна команда.
Ред 62:
[[Файл:Sofia Center walk with free sofia tour 2012 PD 078.jpg|мини|Камбаната е окачена на високо вековно дърво в градината пред входа]]
ПървотоПрез съвременно1927 възстановяванегодина иСвета основнаСофия реконструкцияе обявена за "Народна старина".<ref name=":0" /> Веднага след това се извършва първото съвременно възстановяване на храма, приключвакоето е завършено през 1930 г. На 21. септемвриIX. същата1930 година църквата е осветена и в нея започва да се извършва служение. През 1935 г. се извършва системно проучване и реставрация под ръководството на професор [[Богдан Филов]] и архитект [[Александър Рашенов]]. През [[1955]] г. храмът [[Свети Георги (ротонда)|“]]Света София е обявен за Архитектурно-строителен паметник на културата от национално значение:. "... 5. Храм "Света София", ул. "Париж", № 2/ ул. "Московска", Народна старина - ДВ. Бр. 69 от 1927 година; Археологически Архитектурно-строителен (декл.писмо № 2637 от 07.06.1988 г.) - В. "Известия", Бр. 73 от 1955 година. ..."<ref name=":0">СПИСЪК НА ОБЕКТИ СЪС СТАТУТ НА НЕДВИЖИМИ КУЛТУРНИ ЦЕННОСТИ /ПАМЕТНИЦИ НА КУЛТУРАТА/С КАТЕГОРИЯ “НАЦИОНАЛНО ЗНАЧЕНИЕ” НА ТЕРИТОРИЯТА НА ОБЛАСТ ГРАД СОФИЯ
''/Данни от Националния регистър на недвижимите културни ценности, в който се вписват актовете на органите по чл. 65 и Публичния регистър на издадените по чл. 59, ал. 1 декларационни актове и на актовете за прекратяване на временния режим/''</ref>
