През сезон 1950 г. се въвеждат дублиращи отбори. Отборът на ЦСКА тогава подвизаващ се под името ОНВ също участва със свой отбор в дублиращото първенство.[1]
През сезон 1981/82 се създават регионалните „В“ групи, а съставът им се попълва отчасти с дублиращите отбори на клубовете от „А“ група, включващи младежи до 23 г. Така в новата Софийска „В“ група влиза отборът на ЦСКА „Септемврийско знаме“ II. Той е базиран на стадион „Септември“ в Красна поляна и играе там домакинските си мачове. Негов треньор е Кирил Станков, а в състава са привлечени юноши от школата на основния клуб, които отбиват военна служба, както и военни от цялата страна.[2] Този отбор завършва на 7 място в първия си сезон, а през 1982/83 печели драматично промоция за „Б“ група в оспорвано съперничество с „Металург“ (Перник). През сезон 1983/84 е преименуван на „Армеец“ и играе в Южната „Б“ група, но изпада още същата година. Това е и последното му участие в първенствата, след като е взето решение от 1984 г. вторите отбори на елитните клубове да бъдат извадени от „В“ група.
Отборът е възстановен през 1999 за участие в дублиращото първенство през сезон 1999/2000 под името ЦСКА 2. Завършва на 3-то място след изиграване на есенния полусезон.[3] През сезон 2001/2002 играе в Западната група на първенството на дублиращите отбори. Два мача преди края остава трети.[4] По решение на БФС от сезон сезон 2007/08 всеки отбор участващ в „А“ футболна група има право да има дублиращ отбор в „Б“ футболна група. ПФК ЦСКА (София) се възползва от правото си с което Б отборът отново е възстановен. За треньор на отбора е назначен Сашо Борисов. Отборът е с цел да обиграва младите таланти от първия тим и юношестката школа. Мачовете си ЦСКА Б трябва играе на стадион „Българска армия“, а тренировки провежда на базата в Панчарево. На 31 юли 2007 бе взето решение Б отборите да започнат играят през сезон 2008/09. От сезон 2016/2017 се създава нов дублиращ отбор, който започва участието си във Втора професионална футболна лига на мястото на ПФК Литекс Ловеч II. За старши треньор е назначен Стамен Белчев. През есента на 2016 г. за временен наставник е назначен Ивайло Станев. На 9 януари 2017 г. Светослав Тодоров поема отбора. В края на сезона на Втора лига, отборът завършва на 13-о място и следва да изпадне в Трета лига, но отказва участие в нея поради неблагоприятните условия на игра в лигата.[5] Няколко години по-късно, през сезон 2022/23, ''Армейците'' отново включват втори отбор, но този път в Югозападната Трета лига. За старши треньор е назначен бившият наставник на първия тим Стамен Белчев.