Лига Европа 2016/17 ще е 46-ото издание на този турнир, който до сезон 2008/09 се е наричал Купа на УЕФА. Предварителните кръгове започват на 30 юни 2016 г., а финалът се играе на 24 май 2017 г. на Френдс Арена в Стокхолм.
1 На спешно заседание на УЕФА беше решено Партизани Тирана да заеме мястото на Скъндербеу Корча в Шампионската лига, след като Скъндербеу са дисквалифицирани от УЕФА заради доказано уреждане на мачове. Ето защо срещата-решанш между Слован Братислава и Партизани Тирана е отменена, като словаците автоматично се класират за втория квалификационен кръг на Лига Европа.
Жребият се проведе в Монако на 26 август 2016 г. 48-те отбора са разделени в 4 урни в зависимост от коефициентите им в класацията на УЕФА. Отборите са разделени в 12 групи по 4 отбора, като два отбора от една държава не може да се паднат в една група.
В групата отборите играят на принципа всеки-срещу-всеки на разменено гостуване. Мачовете се играят на 15 септември, 29 септември, 20 октомври, 3 ноември, 24 ноември и 8 декември 2016 г.
Победителите в групите и завършилите на второ място продължават в следващата фаза, докато отборите на трето и четвърто място прекратяват своето участие. Към тези 24 отбора се присъединяват 8 отбора, завършили на 3-то място в групите на Шампионска лига 2016/17. По този начин 32 отбора участват във фазата на директните елиминации. За 1/16 финалите поставени са 12 победителя от групите, както и 4 най-добри отбори, идващи от Шампионската лига, като нова среща между отбори играли вече помежду си в групите е изключено. Отделно два отбора от една федерация не могат да се срещат. Жребият ще се тегли на 12 декември 2016 г. в Нион, а мачовете са на 16 и 23 февруари 2017 г.
От фазата на осминафиналите няма списъци с поставени и непоставени отбори. Тегли се по системата „всеки срещу всеки“, като първият изтеглен отбор е домакин в първата среща. Жребият е на 24 февруари 2017 г. в Нион, а мачовете на 9 и 16 март 2017 г.